Seinen Bekanntheitsgrad hat der FC Ingolstadt 04 überregional sicherlich seinem schnellen Erfolg und dem schnellen Aufstieg in die 2. Bundesliga zu verdanken. Am 10. Juli 2004 fiel der Startschuss für die erste Seniorenmannschaft des FC Ingolstadt 04 in einem Freundschaftsspiel gegen Borussia Mönchengladbach. 4086 Zuschauer kamen, um den neuen Verein im "Schanzer-Trikot" in Aktion zu sehen. Der FC Ingolstadt 04 spielte eine hervorragende erste Saison und konnte sich mit dem zweiten Tabellenplatz am Saisonende in der Bayernliga etablieren. Bereits in der darauf folgenden Saison 2005/06 schaffte der FC Ingolstadt 04 am 27. Mai 2006 mit einem 3:1 Sieg gegen SG Quelle Fürth den völlig unerwarteten Aufstieg in die Regionalliga Süd. Mit 23 Siegen und 11 Punkten Vorsprung auf den Tabellenzweiten 1. FC Nürnberg II zwar ein Ereignis, mit dem selbst die Führungsriege des FCI nicht in dieser kurzen Zeit gerechnet hatte, aber dennoch eine durchaus verdiente Leistung der Mannschaft unter dem damaligen Trainer Jürgen Press. Auch in der darauf folgenden Saison 2006/07 konnte die Mannschaft, trotz starker Konkurrenz, mit einem überraschend guten fünften Platz in der Tabelle abschließen.  


Der vorläufige Höhepunkt dieser vierjährigen Erfolgsgeschichte war der Aufstieg in die zweite Bundesliga. Trotz des zu Beginn der Saison 2007/08 gesteckten Ziels, die Qualifikation für die neue dritte Liga zu erreichen, übertrafen die "Schanzer" wieder jegliche Erwartungen und machten die Rückkehr des Profifußballs nach Ingolstadt am 31. Mai 2008, unter dem in der Winterpause verpflichteten neuen Chef-Trainer Thorsten Fink, mit einem 2:0 Sieg gegen die SpVgg Unterhaching möglich. Eine packende Partie, die das ausverkaufte MTV-Stadion zum Beben brachte und sicherlich noch lange in den Erinnerungen der Ingolstädter Fußballfans bleiben wird.


Nach Rückschlag zurück - 2. Liga 2010! Sportlich gesehen musste der FC Ingolstadt 04 eine erste herbe Niederlage in der Saison 2008/2009 einstecken- den Abstieg in die 3. Liga. Nach einer guten Vorrunde mit soliden 21 Punkten zur Winterpause, startete die Mannschaft katastrophal mit einer 1:6 Niederlage in die Rückrunde. Am Ende der Saison schafften die “Schanzer” nur Platz 17 mit insgesamt 31 Punkten und verfehlten somit das Ziel des Klassenerhalts. So ging es in der Sommerpause darum, diesen Rückschlag zu verarbeiten und für in der Saison 2009/2010 neu in der 3. Liga anzupacken. Das gelang, trotz holprigem Start: Der FC Ingolstadt 04 schloss die Hinrunde der Saison 2009/2010 als erfolgreichste Mannschaft der 3. Liga mit Tabellenplatz 1 ab. In einer durchwachsenen mit vielen Spielausfällen zu Beginn marschierte der FCI 04 im Endspurt los und sicherte sich die Relegation. Dort war die Mannschaft von Trainer Michael Wiesinger jederzeit Herr der Lage - Rostock wurde in den beiden Spielen bezwungen und die Rückkehr in die 2. Bundesliga war gesichert.


Der Name „die Schanzer“ zeigt die Verbundenheit des Vereins zu Ingolstadt und seiner Historie. Seit jeher wussten die Herrscher und Statthalter der Donaustadt die strategische Lage am Flussübergang und an wichtigen Handelswegen zu schätzen und zu schützen. Deshalb wurde 1806 mit dem Ausbau Ingolstadts zur bayerischen Landesfestung begonnen. In dieser Zeit bekam Ingolstadt den Namen „die Schanz“, der auch heute noch an Ingolstadts Vergangenheit als Festungsstadt erinnert. Auch deshalb ist Ingolstadt heute ein einzigartiges Freilichtmuseum deutscher Festungsarchitektur. Ein weiterer Grund für den Beinamen des Vereins ist der Ort seiner ehemaligen Spielstätte auf der Schanz, des MTV-Stadions.